Thai Journal of Botany
     
Article's details
 
Title: Comparative proteomics of rice (Oryza sativa L.) root proteins under drought stress condition
ชื่อบทความ: โปรติโอมิกส์เชิงเปรียบเทียบของโปรตีนในรากข้าว (Oryza sativa L.) เมื่ออยู่ภายใต้ภาวะแล้ง
Author: NAWAMIN SA-NGUANMOO1,*, WASINEE PONGPRAYOON1, NUTWADEE CHINTAKOVID1,SITTIRUK ROYTRAKUL2 & SUPACHITRA CHADCHAWAN1
ชื่อผู้แต่ง : นวมินทร์ สงวนหมู่1,* วาสินี พงษ์ประยูร1 ณัฐวดี จินตโกวิท1 สิทธิรักษ์ รอยตระกูล2 และ ศุภจิตรา ชัชวาลย์1
Pages: 125 - 134
Year: 2555
Year No.: 4
Volume: พิเศษ   Show All Articles
Abstract:

     การเปรียบเทียบโปรติโอมิกส์ของรากข้าวที่อยู่ภายใต้ภาวะแล้งในข้าวสองสายพันธุ์ที่มีพื้นฐานทางพันธุกรรมใกล้เคียงกัน คือ ข้าวสายพันธุ์เหลืองประทิว 123 (LPT123) และข้าวสายพันธุ์กลายทนแล้ง เหลืองประทิว 123-TC171 (LPT123-TC171) พบว่า เมื่อให้ภาวะแล้งโดยการเติม polyethylene glycol (PEG6000) ลงในสารละลายธาตุอาหารให้มีความเข้มข้น 10% (w/v) กับ ต้นกล้าข้าวอายุ 28 วัน เป็นระยะเวลา 0, 2, 6, 24, 48 และ 96 ชั่วโมง และมีชุดควบคุมที่ต้นกล้าข้าวเติบโตในสารละลายธาตุอาหารที่ไม่มีการเติม PEG6000 แล้ววิเคราะห์โปรตีนโดยใช้ 1D-SDS-PAGE และ nano-ESI-MS/MS พบพอลิเปปไทด์ในรากข้าวสองสายพันธุ์ที่มีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ จำนวน 39 ชนิด พอลิเปปไทด์ที่มีการแสดงออกสูงใน LPT123-TC171 แต่แสดงออกใน LPT123 มีจำนวน 18 ชนิด ในขณะที่พอลิเปปไทด์ที่มีการแสดงออกสูงใน LPT123 แต่แสดงออกต่ำใน LPT123-TC171 มีจำนวน 21 ชนิด ในจำนวนนี้สามารถระบุตำแหน่ง loci โดยใช้ฐานข้อมูล rice genome annotation project ได้ 29 พอลิเปบไทด์ โปรตีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันมากที่สุด คือ กลุ่มที่มีบทบาทเกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณ, ทรานสโพซอน และ เมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังพบโปรตีนที่มีบทบาทเกี่ยวข้องกับโครงร่างภายในเซลล, การลำเลียงสารผ่านเข้า-ออกจากเซลล, กระบวนการถอดรหัส, การสลายของสารสี, กระบวนการสังเคราะห์โปรตีน และการควบคุมการเกิดดอก ซึ่งโปรตีนบางตัวเหล่านี้น่าจะมีบทบาทต่อการต้านทานภาวะแล้งในข้าว

Comparative root proteomics under drought stress of two rice lines with the similar genetic background, Leung Pratew 123 (LPT123) rice and its mutated drought resistant line, LPT123-TC171 was performed. Twenty-eight days old rice seedlings were treated with 10% polyethylene glycol (PEG6000) for 0, 2, 6, 24, 48, 96 hours. The proteomes were analyzed by using 1D-SDS-PAGE and nano-ESI-MS/MS to display different protein expression patterns when plants were grown in drought or non-drought stage. Thirty-nine significant different polypeptides were detected. During drought stress, eighteen polypeptides were found to be higher in LPT123-TC171 rice, while 21 expressed lower in LPT123-TC171, when compared with LPT123 rice. Only 29 polypeptides could be identified for loci using rice genome annotation project database. Among these polypeptides, the biggest groups of proteins function in signal transduction, transposon protein and metabolic pathway. Proteins with the functions in cytoskeleton synthesis, cellular transport, transcription, pigment degradation, protein synthesis and flowering regulation were also found. Some of these proteins may contribute to drought resistance in rice.

 



    right-buttom
     
  Developed By : Plants Database Center
Powered By : QSBG, Thailand